중도퇴사자 연말정산 검색은 대부분 한 문장으로 시작합니다.
“왜 제 공제가 하나도 안 들어갔죠?”
여기서 핵심은 감정이 아니라 구조입니다. 중도퇴사자는 ‘연말정산 시즌(1~2월)’이 아니라 ‘퇴직월 급여 정산’에서 먼저 세금 정산이 끝나는 케이스가 많고, 그 과정에서 기본공제 중심으로 처리되면서 의료비·월세·교육비 같은 공제가 빠져 보이기 쉽습니다. (그래서 ‘손해 본 거냐’ 질문이 폭증합니다.)
이 글은 그 혼란을 환급/추징 기준까지 ‘행동 순서’로 끝내는 2번 글입니다.
1) 중도퇴사자 연말정산이 ‘기본공제만’ 되는 이유
1. 중도퇴사자는 퇴직 시점에 세금을 먼저 정산한다
중도퇴사자는 퇴직할 때 회사가 퇴직월 급여 정산 과정에서 세금을 정산해 환급 또는 추가 납부가 발생할 수 있습니다.
이때 회사가 반영하는 공제는 보통 다음처럼 “기본 영역”에 집중됩니다.
- 근로소득공제, 근로소득세액공제 등 기본 계산 구조
- 본인 기본공제 및 표준세액공제 등 최소 적용 항목(회사 실무에서 흔한 처리)

2. 간소화 자료(의료비·보험료 등)는 ‘연말정산 시즌’에 모인다
연말정산 간소화 자료는 매년 1월 15일 전후부터 확인·제공 프로세스가 안내됩니다.
중도퇴사자는 퇴직 시점이 먼저라, 간소화 자료가 “회사 정산 타이밍”과 엇갈리면서 공제가 누락된 형태로 보이는 겁니다.
정리하면
- 중도퇴사자 연말정산 자료는 회사가 안 해준 게 아니라
- 타이밍상 ‘기본공제 중심 정산’으로 먼저 종료되는 구조가 많습니다.
2) “공제 누락 = 손해 확정”이 아니다: 되돌리는 루트는 2개
중도퇴사자 연말정산 공제 누락을 되돌리는 길은 딱 2개입니다.
A) 같은 해에 재취업했다면: 현 직장에서 합산 연말정산
- 전 직장에서 근로소득 원천징수영수증을 받아
- 현 직장 연말정산 때 이전 소득을 합산해 정산하는 방식이 일반적으로 안내됩니다.
이 루트의 장점
- “회사 시스템” 안에서 처리되어 절차가 단순
- 누락 공제도 추가 서류로 반영 가능(회사 요구 기준에 따름)
B) 연말에 근무처가 없거나, 합산이 어려우면: 다음 해 5월 종합소득세 신고
- 중도퇴사로 빠진 공제는 5월 종합소득세 신고에서 정리하는 흐름이 반복적으로 안내됩니다.
- 이때 핵심 서류가 전 직장 원천징수영수증입니다(없으면 정리 난이도가 급상승).
3) 지금 당장 해야 할 일: 중도퇴사자 연말정산 체크리스트 (실전 순서)
1) 전 직장에서 “근로소득 원천징수영수증” 확보
- 재취업 합산용이든, 5월 신고용이든 가장 먼저 확보합니다.
- 홈택스에서도 “지급명세서(원천징수영수증) 제출내역” 형태로 확인 메뉴가 안내됩니다.

2) 간소화 자료는 1월 15일 전후부터 ‘최종본’ 기준으로 모으기
- 국세청은 간소화 자료 제공·확인 일정(근로자 확인, 자료 다운로드 등)을 매년 공지합니다.
- 의료비/보험료/교육비 같은 항목은 업데이트가 있을 수 있어, “최종본 기준”으로 묶는 게 안전합니다(회사 제출이 아니라 5월 신고 대비라면 특히).
3) 본인 케이스를 10초 만에 분기
- 연말에 새 직장 있음 → 루트 A(현 직장 합산)
- 연말에 무직/프리랜서/사업 병행 → 루트 B(5월 종소세로 정리)
4) 누락 공제가 많은 항목 5개만 먼저 점검
중도퇴사자들이 가장 자주 “빠졌다”고 느끼는 항목은 아래 쪽에서 터집니다.
- 의료비
- 보험료
- 교육비
- 월세(해당자)
- 기부금
이 5가지만 잡아도중도퇴사자 연말정산 “환급 가능성/추징 가능성” 윤곽이 바로 나옵니다.
4) 자주 터지는 실수 4가지 (이거만 피하면 반은 성공)
- 원천징수영수증 없이 5월 신고 시즌에 진입
→ 서류 확보부터 늦어지면서 환급 타이밍이 밀립니다. - “회사에서 기본공제만 했으니 회사가 잘못”으로 단정
→ 실제론 중도퇴사 정산 타이밍 이슈가 더 흔합니다. - 재취업했는데 전 직장 소득을 합산하지 않음
→ 현 직장 연말정산에서 합산 루트를 놓치면 5월에 다시 정리해야 합니다. - 간소화 자료를 너무 일찍 캡처/다운하고 끝냄
→ 국세청 일정 공지상 업데이트 구간이 있어, 최종 확인 흐름이 안내됩니다.
5) 공식 링크
- 국세청(연말정산·제도 공지): https://www.nts.go.kr
- 홈택스(간소화·조회): https://www.hometax.go.kr
FAQ (자주 묻는 질문 5개)
Q1. 중도퇴사자 연말정산을 ‘아예’ 못 하나요?
못 하는 게 아니라 퇴직월 정산으로 먼저 끝나는 경우가 많고, 누락된 공제는 재취업 합산 또는 5월 종합소득세 신고로 정리하는 구조입니다.
Q2. 회사가 기본공제만 넣었는데 환급을 못 받은 건가요?
기본공제 중심으로 정산되면 공제 폭이 작아져 환급이 줄어 보일 수 있습니다. 다만 누락 공제가 있다면 합산 연말정산/5월 신고에서 반영 여지가 생깁니다.
Q3. 재취업했는데 전 직장 원천징수영수증은 꼭 제출해야 하나요?
현 직장에서 이전 소득을 합산해 정산하려면 전 직장 원천징수영수증 제출이 핵심으로 안내됩니다.
Q4. 원천징수영수증은 홈택스에서 어디서 보나요?
홈택스(또는 손택스)에서 지급명세서(원천징수영수증) 제출내역을 확인할 수 있는 안내가 있습니다.
Q5. 간소화 자료는 언제부터 제대로 확인할 수 있나요?
국세청 공지 기준으로 근로자 확인 및 간소화 제공 일정이 안내되며, 1월 15일 전후 일정이 반복적으로 제시됩니다.